Родился 24 апреля (7 мая н.с.) под Казанью в семье агронома. Детские годы прошли в селе Сернур Вятской губернии, недалеко от города Уржума. По окончании реального училища в Уржуме в 1920 едет в Москву продолжать образование. Поступает в Московский университет сразу на два факультета — филологический и медицинский. Литературная и театральная жизнь Москвы захватила Заболоцкого: выступления Маяковского, Есенина, футуристов, имажинистов. Начав писать стихи еще в школе, теперь увлекся подражанием то Блоку, то Есенину.
В 1921 переехал в Ленинград и поступил в Педагогический институт им. Герцена, включился в занятия литературного кружка, но еще "собственного голоса не находил". В 1925 окончил институт.
В эти годы он сближается с группой молодых поэтов, называвших себя "обэриутами" ("Объединение реального искусства"). Их редко и мало печатали, но они часто выступали с чтением своих стихов. Участие в этой группе помогло поэту найти свой путь. В 1926 — 1927 служил в армии. По окончании службы получил место в отделе детской книги ОГИЗа, активно сотрудничал в детской литературе, в журналах для детей "Еж" и "Чиж". Выходят его детские книжки в стихах и прозе "Змеиное молоко", "Резиновые головы" и др. В 1929 вышел сборник стихов "Столбцы", в 1937 — "Вторая книга".
В 1938 был незаконно репрессирован и приговорен к 5 годам лагерного заключения, затем с 1944 по 1946 отбывал ссылку, работая строителем на Дальнем Востоке, в Алтайском крае и Караганде. В 1946 вернулся в Москву. В 1930 — 40-е написаны: "Метаморфозы", "Лесное озеро", "Утро", "Я не ищу гармонии в природе" и др.
Последнее десятилетие много работал над переводами грузинских поэтов-классиков и современников, посещал Грузию.
В 1950-е такие стихи Заболоцкого, как "Некрасивая девочка", "Старая актриса", "Противостояние Марса" и др., сделали его имя известным широкому читателю. Последние два года жизни он провел в Тарусе на Оке. Тяжело болел, перенес инфаркт. Здесь были написаны многие лирические стихотворения, поэма "Рубрук в Монголии". В 1957 он побывал в Италии.
14 октября 1958 Заболоцкий скончался от второго инфаркта.