Лучшей в номинации «Non-fiction», по мнению пользователей Рунета, стала книга Виталия Гиберта «Моделирование будущего», эксперты же сделали свой выбор в данной номинации в пользу сборника рецептов Сталика Ханкишиева «Мангал». Награды в номинации «Художественная литература» получила Джоан Роулинг со своей «Случайной вакансией» (выбор пользователей Рунета) и протоирей Андрей с книгой «Страна чудес и другие рассказы» (выбор экспертного совета). Лучшей детской книгой интернет-общественность назвала «Права детенышей. Перевод Конвенции о правах ребенка на детский язык» Григория Остера, а экспертный совет — «Про Бабаку Косточкину» Анны Никольской. Наконец, в номинации «Бизнес-книга» премии вручили Родиславу Гандапасу, автору издания «Харизма лидера» (за неё проголосовало наибольшее количество пользователей), и Альфреду Коху и Петру Авену за книгу «Революция Гайдара. История реформ 90-х из первых рук» (мнение экспертов).
Назвал победителей и организатор мероприятия, онлайн-магазин Ozon.ru. Лучшей художественной книгой руководство компании считает трилогию «Пятьдесят оттенков» Эрики Леонард Джеймс, в номинации «Non-fiction» премия присуждена Евгению Комаровскому за справочник «Лекарства. Справочник здравомыслящих родителей». Лучшей детской книгой Ozon.ru назвал «Французские дети не плюются едой» Памелы Друкерман, лучшей бизнес-книгой — «Как писать продающиеся тексты. Коммерческие предложения, которые приносят миллионы» авторов Андрея Парабеллума, Николая Мрочковского, Константина Бенко и Кирилла Белевича.
В специальных номинациях «Книжной премии Рунета 2013» также не обошлось без сюрпризов. Так, лучшим книжным блогом стал Bookriot Ксении Лукиной, «Человеком слова» (премия «Золотое перо Ozon.ru» вручается за наибольшее количество содержательных отзывов о книгах) назван Дмитрий Померанцев, лучшей цифровой книгой признали «Моделирование будущего» Виталия Гиберта (вторая награда!), а премия Runetbook вручена издательству «Манн, Иванов и Фербер».