Родился Низамаддин Мир Алишер – так звали будущего поэта и мыслителя – в Герате, в семье тимуридского чиновника, дом которого посещали видные деятели культуры и искусства того времени. Один его дядя был поэтом, а другой – музыкантом и каллиграфом. С юных лет Алишер воспитывался вместе с детьми из тимуридских семей, особенно он был дружен с Султаном-Хусейном Байкара, впоследствии ставшего главой Хорасанского государства, поэтом и покровителем искусств. Учился будущий поэт в Герате, Мешхеде, в 1466 – 1469 годах в медресе в Самарканде. Уже к 15 годам Навои стал известен как поэт, слагающий одинаково хорошо стихи на двух языках – тюркском и фарси (персидском).
В 1469 году Навои был назначен на должность хранителя печати при правителе Хорасана. В 1472 году он получил чин визиря и титул эмира. В 1476 году Навои подал в отставку, однако остался приближенным султана, который доверял ему важные дела в Герате и Астрабаде.
Навои оказывал помощь ученым, художникам, музыкантам, поэтам, каллиграфам. При нем в Герате сформировался кружок ученых и творческих людей, в который, в числе прочих, входили он сам, Джами, султан, писавший стихи под псевдонимом Хусайни, историки Мирхонд, Хондамир, Васифи, Давлятшах Самарканди, художник Кемаледдин Бехзад и архитектор Кавам-ад-дин. По инициативе Навои и под его руководством в Герате велось строительство – на берегу канала Инджил были возведены медресе, ханака, библиотека, больница.
Как мыслитель Алишер Навои входил в дервишский суфийский орден Накшбанди. Следуя этике суфия, Навои соблюдал безбрачие и не имел гарема.
Под псевдонимом Фани (бренный), Алишер писал на языке фарси, однако главные произведения создал под псевдонимом Навои (мелодичный). Творчество Навои дало мощный стимул развитию тюркской литературы. Ему принадлежат 30 крупных произведений – диванов (сборников стихов), поэм, философских и научных трактатов. Вершиной творчества Навои является знаменитая «Пятерица», включающая в себя пять эпических поэм «Смятение праведных», «Лейли и Меджнун», «Фархад и Ширин», «Семь планет» и «Искандарова стена».
Уже на закате своей жизни в 1499 году Алишер Навои написал аллегорическую поэму «Язык птиц» («Парламент птиц» или «Симург») и в 1500 году философско-аллегорический трактат «Возлюбленный сердец», посвященный наилучшему устройству общества.
Умер Алишер Навои в Герате 3 января 1501 года.