Уильям родился в Сент-Луисе, штат Миссури. Был вторым ребенком в семье Мортимера и Лауры Ли Берроуз, у него был старший брат Морт, названный в честь отца. В детстве Уильям Берроуз не отличался ни здоровьем, ни общительностью. Он учился в довольно прогрессивной школе, но из-за особенностей своего характера не мог ужиться со сверстниками, в связи с чем постоянно слышал в свой адрес что-то типа: "Да этот парень выглядит, как овца, загрызшая волка" или "Он похож на ходячего мертвеца". Одним из наиболее ярких впечатлений детства явился роман Джека Блэка "Ты не можешь выиграть", мемуары наркомана, описывающего свое криминальное прошлое. Прочтя эту книгу в возрасте 13 лет, Уильям Берроуз был восхищен чувством товарищества, возникшим между действующими лицами-преступниками, которого он не наблюдал у местных мошенников. Для укрепления здоровья в 29 году Уильям Берроуз был направлен в школу, расположенную в Лос-Аламосе, Мехико. Вообще же за время своей учебы Уильям сменил три школы.
В период с 1932 по 1936 года Уильям Берроуз учится в Гарвардском Университете на факультете английского языка. Не стесненный в денежных средствах, получаемых от родителей, он много путешествует. В 1937 отправляется поступать в медицинское училище в Вене для того чтобы помочь в борьбе с фашизмом и не допустить его проникновения в Америку. Там он жениться на Ильсе Клаппер. Год спустя Уильям Берроуз поступает в Аспирантуру Гарварда, где изучает антропологию. В 1942 году Уильяма Берроуза призвали в ряды армии США, но через несколько месяцев он был уволен со службы.
В канун Рождества '43 в Нью-Йорке Уильям Берроуз знакомиться с Аленом Гинсбергом, Джеком Керуаком и Люсьеном Карром, почти годом позже он встречает журналистку Колумбийского Университета Джоан Волмер. Являясь в компании старшим, Уильям Берроуз принимает на себя роль лидера, всячески поощряет друзей в их творческих попытках. Вместе со своим приятелем по Гарварду Келзом Элвинсом он написал несколько скетчей, с Керуаком завершил короткий роман в духе Хаммета, все эти работы были отвергнуты издателями, и Уильям Берроуз о себе как о писателе не думал. В поисках себя как личности он сознательно склонился к криминальной жизни. Надеясь, что в обществе уголовников он будет чувствовать себя как дома, Уильям Берроуз занялся скупкой краденного, начал торговать наркотиками и открыл для себя морфий. В 1946 его арестовывают, он разводится с Ильсе и в последствии вместе с Джоан Волмер перебирается в Техас, где год спустя у них родился сын Уильям Берроуз Младший. Так как Уильям Берроуз сидел на морфии, а Джоан на бензедрине, им приходилось постоянно переезжать с места на место в поисках легко доступных наркотиков. Устав от такой жизни, в 1948 Уильям Берроуз добровольно ложится в федеральную клинику по реабилитации наркоманов, но без результата.
Весной 1950 года его навестил Келз Элвинс и предложил, освежив память, написать книгу, правдиво рассказывающую о наркотическом опыте. Увлеченный этой идеей Уильям Берроуз составил ежедневное расписание и, помогая себе инъекциями морфия, начал работу. Книга была закончена к декабрю и получила название "Джанки". Рукопись Уильям Берроуз отправил в Нью-Йорк Люсьену Кару, а в 1953 выступавший одновременно агентом Уильяма Берроуза и Керуака Гинсберг смог опубликовать книгу в мягкой обложке под псевдонимом "Уильям Ли" и мрачной пометкой "Исповедь неисправимого наркомана". 6 сентября 1951 года после затяжной ночной попойки Уильям Берроуз предлагает жене поиграть в Вильгельма Телля и поставить на голову стакан. Но промахивается и нечаянно убивает Джоан. Обвиненный в преступной неосторожности Уильям Берроуз был сослан в Мехико. Опеку над сыном приняли его родители, забрав к себе во Флориду. В последствие выпущенный под залог Уильям Берроуз отправился в Южную Америку на поиски наркотика "ядж", так называемого "вина смерти". В своих письмах Гинсбергу он описывает города, джунгли, горы Эквадора и Перу. В 1963 эти заметки были обобщены и опубликованы в "City lights" под названием "Письма о ядже", которые, как думал Уильям Берроуз после успеха романа Олдоса Хаксли "Двери восприятия"(1954), должны заинтересовать читателей.
После того как он покинул Южную Америку, Уильям Берроуз осел в Тэнгере, где мог жить довольно дешево и легко доставать наркотики. Он говорил, что смерть жены сделала его литератором. Он чувствовал, что был одержим захватчиком, "Уродливым духом" , который контролировал его поступки во время того инцидента и обрек его на пожизненную борьбу, в которой Уильям Берроуз не имел другого выбора кроме как писать.
В феврале 1957 навестить друга в Тэнгер приехал Керуак, сразу начавший набирать на машинке сотни рукописных страниц новой книги Уильяма Берроуза, которую Джек назвал "Голый завтрак". В процессе написания Уильям Берроуз говорил, что он "раз и навсегда высрал свое образованное начало. В этом причина того, что я говорю самые ужасные вещи, о которых могу думать. Понимая, что самое ужасное, грязное, смешное, отвратительное и унизительное положение возможно..."
Уильям Берроуз продолжал работать над книгой вплоть до ее публикации в 1959 году, считав ее авантюрным романом, повествующем об своем альтер-эго, Уильяме Ли. Как замечает биограф Тед Морган, Уильям Берроуз расширил "новое видение" писателя, предложенное Гинсбергом и Карром, как преступник и создатель "рискованной литературы". "Голый завтрак" является одной из основных работ Уильям Берроуза. Написанный как поток сознания, это ночной кошмар, населенный секретными агентами, сумасшедшими докторами, гангстерами, зомби, фаллическими монстрами, вампирами и инопланетянами, вовлеченными в садомазохистские оргии, перевоплощения и межпланетные войны. Сжатость и спешность повествования, фрагментация текста вызывают аналогии со скачущей жизнью наркомана то и дело прерываемой ломками. Уильям Берроуз рассматривает зависимость как основную причину неограниченного употребления наркотиков. Политика, религия, семья, любовь - все это разные формы зависимости, рано или поздно все социальные порядки, нормы и устои утратят свое значение, потерпевшие крах национальные государства перейдут под контроль наркоманов. Его нигилистический юмор, мистическая насыщенность, крепкая сатира в отношении общества и блестящий стиль получили признание критиков, в 1962 году американский писатель Норман Мэйлер заявил, что Уильям Берроуз "в принципе, единственный из ныне живущих американских романистов, наделенный гением". Несмотря на это роман "Голый завтрак", написанный откровенно сексуальным языком и полный абсурдных образов, был подвергнут запрету вплоть до 1966 года.
Некоторые цитаты Берроуза:
Молодёжь — это чуждый вид. Они не хотят свергнуть нас революционным путём. Они забудут нас будто нас вовсе не существовало.
Что произойдёт если все дремучие, тупые, лицемерные законы, принятые насосавшимися виски законодателями разных штатов, на самом деле начнут применяться, да еще вместе со всеми федеральными и городскими законами? Если каждого бизнесмена, недоплатившего один доллар налогов, задержат и посадят в тюрьму? Если задержат и посадят всех, кто нарушил закон о наркотиках? Если задержат и посадят всех нарушителей законов, запрещающих секс между взрослыми людьми по обоюдному согласию? Сколько человек окажутся за решёткой?
Ничто не случайно для человека знания: все, что он видит и слышит, находится на своем месте в свое время и ждет быть увиденным и услышанным.
Обезьяньи головы, пересаженные на обезьяньи тела, могут жить еще в течение недели. Технически трансплантация головы у человека осуществима, но с научной точки зрения это не имеет никакого смысла. Всё, что делает человека человеком, чувства и душа стёрлись на этом лице. Не осталось ничего кроме плотских нужд и плотских удовольствий. Такие лица я видел в потаённых палатах больниц для умалишённых. Люди, которые живут, чтобы жрать, срать и мастурбировать.
Rolling Stone № 155, 1974